На 25 юни 1868 г. Патриаршията изпраща на Високата порта официалните си възражения по двата правителствени проекта за разрешаване на българския църковен въпрос. В отговора се предлага свикването на вселенски събор. След завладяването на България от турците през 1396 г. и унищожаването на Търновската патриаршия по-голямата част от българските земи в църковно отношение са подчинени на Цариградската патриаршия. С премахването на независимите Ипекска патриаршия (1776 г.) и Охридска архиепископия (1767 г.) под духовната власт на Цариградската патриаршия попадат и останалите дотогава извън обсега ѝ български земи.
Тя става крепителка на султанската власт, срещу което придобива правото да получава големи доходи от поробените християнски народи под формата на много църковни данъци, такси и др. След въвеждането през II половина на ХV в. на обичая новоизбраният патриарх да заплаща на султана голям паричен дар (пешкеш), за да получи берат за своето назначение, грабежите и експлоатацията от страна на гръцкото духовенство още повече се увеличават.
Недоволството на българите изразява отначало в действия срещу деянията и злоупотребите на отделни гръцки владици. Борба срещу тях започва населението на Враца (1824 г.), Скопие (1825 г.), Самоков (1829 г.), Стара Загора, Казанлък, Нова Загора (1836 г.) и др. Така постепенно започва да се формира църковно-национална борба. Начело застава българската търговско-промишлена буржоазия. Постепенно тя успява да привлече в борбата и широките народни маси, особено селяните (които страдат най-много от грабежите на гръцкото духовенство) и градските занаятчии. Ръководители на борбата са Неофит Бозвели и Иларион Макариополски, които спечелват помощта на българските търговци и занаятчии в Цариград.
На 25 юни 1845 г. те получават от цариградските българи пълномощия да действат от името на българския народ; подават поотделно прошение до турското правителство, в което излагат исканията на българския народ: във всички български епархии да се поставят избираеми от народа и сменяеми владици българи с определена месечна заплата; в Цариград да има представители на българския народ, които да бъдат застъпници на българските интереси пред Високата порта; да се разреши построяване на българска църква в Цариград и издаване на български вестник. Макар че Високата порта приема тези искания, Патриаршията ги отхвърля и заточва двамата български представители (края на юли 1845 г.). Това дава нов тласък на църковно-националното движение.
Населението в София, Самоков, Видин, Лом, Пловдив, Пазарджик, Охрид, Сяр и др. започва по-енергично да се бори за владика българин. Църковно националната борба навлиза в решителната си фаза след Кримската война (1853-1856 г.). Издаденият през 1856 г. Хатихумаюн, в който се предвиждат и църковни реформи, дава нови надежди и силен тласък на борбата. Същата година цариградските българи от името на 6,4 млн. българи в пределите на Турция изпращат прошение до султана да им се разреши да си изберат върховен църковен и върховен граждански началник българин, който да представя пред султана български съдебни и други служби. С второто искане се слага началото на опитите за извоюване на известна гражданска автономия. Българската емиграция в Румъния и Русия подкрепя активно борбата. Особено дейни са Г. С. Раковски, д-р Ив. Селимински и др.
Цариградската българска община се утвърждава като ръководен център на Църковно-националните борби. Неин ръководител става Иларион Макариополски, който през 1858 г. е ръкоположен за епископ. Нейни членове са д-р Ст. Чомаков, П. Р. Славейков, Т. Бурмов, Г. Кръстевич и др. В Църковно-национална борба се очертават 2 течения: умерено (консервативно) и крайно (демократично), или 2 партии – “стари” и “млади”. Първите изразяват интересите на едрата търговска-лихварска буржоазия, а вторите – на дребните търговци и занаятчии. Начело с Г. Кръстевич, “старите” настояват борбата да се води в съгласие с Портата, а “младите”, водени от П. Р. Славейков, са привърженици и на крайни мерки. По нареждане на Високата порта Патриаршията свиква събор (1858 – 16 февруари 1860 г.), за да внесе известни промени в своето управление. На него присъстват само трима представители на български епархии. Съборът отхвърля дори и умереното искане на “старите” за назначаване в епархиите на владици, които да знаят езика на местното население.
В знак на протест българските представители отказват да подпишат протоколите на събора. Църковно-национална борба се изостря все повече. В много селища населението не приема новоназначените гръцки владици, стават сблъсквания между българи и гръкомани и др. Упорството на Цариградската патриаршия убеждава българските водачи, че народът сам трябва да отхвърли открито нейната власт. На 3 април 1860 г. (Великден) Иларион Макариополски изпълнява народната воля и не споменава на тържествената служба името на гръцкия патриарх. Великденската акция повдига духа на българския народ. От всички краища на България пристигат прошения, с които народът се отказва от Патриаршията и признава за свой духовен глава Иларион. Наскоро след това той е заточен отново заедно с присъединилите се към борбата Авксентий Велешки и Паисий Пловдивски.
Във всички български земи се провеждат митинги, изгонват се владици, населението не плаща църковните данъци и др. Критското въстание (1866-1869 г.), нарастването на революционния подем в България и преминаването на четите на П. Хитов и Филип Тотьо (1867 г.), на Хаджи Димитър и Стефан Караджа (1868 г.) в България принуждават Високата порта да разреши църковно-националния въпрос в полза на бългaрския народ. На 28 февруари 1870 г. е издаден ферман за учредяването на Българска екзархия.