Днес църквата почита Св. Йоан Кръстител, известен и като Св. Йоан Предтеча. Той е братовчед и предшественик на Иисус Христос. Според Евангелието именно Йоан предсказва идването на месията (на Христа). Живял отшелнически живот в пустинята.
Йоан Кръстител се ражда половин година преди Иисус Христос. Син е на свещеник Закария — от рода на Аарон и праведната Елизавета — от рода Давидов. Както разказва Евангелист Лука, архангел Гавраил се явява на баща му Закария в храма и възвестява зачеването на сина му, след като води дългогодишен благочестив живот до преклонна старост, но e лишен от утехата да има дете. Така най-накрая в семейството се ражда син, който измолили в горещи молитви. Младенецът Йоан избягва участта на хилядите убити младенци във Витлеем и околностите му.
Според Евангелието води аскетичен живот на бреговете на река Йордан, носи груби одежди от камилска вълна и се храни с див мед и акриди. След като навършва 30 години започва да проповядва и да кръщава хората. Дава Свето Кръщение и на Иисус Христос (Богоявление).
Наказан е чрез отсичане на главата по заповед на Ирод Антипа. Юдейският цар Ирод се опитва да съблазни жената на своя брат Филип Иродиада. Йоан Кръстител става свидетел на случващото се и се обръща към него с изобличителните думи: „Ти не трябва да я имаш!“. След тези си думи той е затворен в тъмница. На рождения си ден Ирод дава пиршество и дъщерята на Иродиада, Саломе танцува за него. След като тя приключва танца си, той й се заклева, че ще й даде каквото поиска. Саломе пита майка си какво да пожелае, а тя ѝ отговаря „Главата на Йоана Кръстителя“. За да изпълни клетвата, си Ирод дава заповед да обезглавят Йоан и да донесат главата му на тепсия на танцьорката.
В България, по време на сондажни изкопи в основите на най-старата църква на остров Свети Иван близо до Созопол, построена в края на IV – нач. на V в. , на 28 юли 2010 г. при разчистването на основата на олтарната маса на дълбочина 0,6 m под пода е открит мраморен реликварий (мощехранилница) с форма на малък саркофаг, дълъг 18 cm и висок 14 cm. Реликварият от алабастър съдържа части от ръка, лицева част и зъб и според някои български учени откритите мощи принадлежат на Свети Йоан Предтеча.
Наскоро учени от Оксфорд потвърдиха, че мощите принадлежат на човек от Близкия изток, живял през I в. сл. Хр.