Свещеници от Неврокопската епархия поискаха висшите духовници, членове на ръководството на Българската православна църква, за които бе известено, че са били сътрудници на Държавна сигурност, да се оттеглят от постовете си доброволно, както доброволно едно време са работили за комунистическата държава. Самият Неврокопски митрополит Натанаил се оказа в числото на осветените като сътрудници на ДС.
„Нашият владика Натанаил е мъртъв. Той не е жив за нас от 17 януари (когато бе огласено досието му – бел. ред.). Всички доносници за нас са духовно мъртви хора“, се посочва в декларацията на свещениците от Неврокопската митрополия, представена пред БНР.
„Хората с досиета, ако и облечени в расо, трябва да напуснат. Потвърди се вечната истина, че никой не може да се бори срещу нашия Бог и да остане неразкрит. Считаме, че поради това предателство стотици хиляди чада не можаха да видят пътя към Бога. Всеки, който защитава хората с досиета, е помагач на дявола“, се казва още в декларацията.
Натанаил беше сред най-яростните противници на отварянето на досиетата на висшия клир. Преди месец той се противопостави на становището на Светия синод, с което синодът се съгласяваше да се изпълни изискването на закона и да се предоставят нужните данни на комисията по досиетата, за да може да извърши проверка на висшия клир за принадлежност към ДС.
„Демократичната и правова държава спазва върховния закон - Конституцията, само когато не приема закони, които й противоречат, а когато допусне грешка, е длъжна да я изправи. Още през 1992 година Конституционният съд е казал, че е недопустима държавна намеса във вътрешно-организационния живот на религиозните институции, както и в тяхното обществено проявление”. След което владиката поиска юридическо становище може ли църквата да се подчинява на светските закони, защото без него "ние за пореден път взехме решение, без да обследваме и анализираме задълбочено въпросите, за което след това ще берем горчивите плодове“, писа тогава Натанаил.
Накрая дядо Натанаил обяви, че отварянето на досиетата на висшите духовници „ще задоволи медийната жажда за сензации за няколко дни, но ще смути душите на много православни християни и ще срине единствената надежда и опора на народа в Църквата“.
След писмото на Натанаил синодът се обърна и промени решението си, като отказа да сътрудничи на комисията по досиетата. По-късно обаче все пак предостави исканите данни.