На 5 октомври 1878 г. избухва Кресненско - Разложкото въстание.
То е предизвикано от решенията на Берлинския конгрес, който разпокъсва новоосвободените български земи.
Българите от Македония изпращат до правителствата на Великите сили и Временното руско управление петиции, мемоари и молби, с които протестират срещу решението техните земи да останат в пределите на Османската империя.
Отговор няма и по тази причина македонските българи въстават срещу османската власт, за да се присъединят към Княжество България.
На 5 октомври сборен отряд от около 400 въстаници, разделен на чети, под общото командване на Стоян Карастоилов (Стоян войвода) и Адам Калмиков атакува турския гарнизон, разположен при кресненските ханове. След 18-часово сражение, турската войска се предава. Пленени са 119 войници и двама офицери.
Освободени са редица села. Освен в Кресненското дефиле въстанически действия започват в Неврокопско, Демирхисарско, Серско, Малешевско и други области. В началото на ноември въстанието обхваща и селата от Разложката котловина. Но въпреки проявения героизъм турците преминават в настъпление. На 11 ноември 1878 г. е опожарена Кресна. Същата участ постига още 12 села от Кресненското дефиле. Към края на ноември е разгромено въстанието и в Разложко.
По десния бряг на река Струма обаче въстаническите действия продължават до февруари 1879 г., но разколът в ръководството оказва силен негативен резултат.
На 25 май 1879 г. Натанаил Охридски разпуска четите и въстанието е прекратено.
Жестокостите на турската войска и башибозук над населението принуждават над 25 000 души от Мелнишко, Горноджумайско, Разложко и други краища на Македония да напуснат родните си селища и да потърсят убежище в Княжество България.
Официално Русия се разграничава от въстанието, но средното и ниско ниво в администрацията на временното руско управление в България обаче подпомага бунта. Останалите Велики сили в лицето на Великобритания и Австро-Унгария са против.