1 октомври 1888 г. е рождена дата на Софийския университет „Св. Климент Охридски“. Той е първото българско висше училище. Неговата история е въплъщение и продължение на многовековната културна и просветна традиция на българския народ.
През 1880 г. Министерството на просвещението внася в Народното събрание проект за Основен закон за училищата в княжество България. В него се предвижда „след изпълване курса на реалните и класическите гимназии да се отвори българско висше училище (университет), което да обхване юридическите, философските, естествените, медицинските и техническите науки“, припомнят от Алма матер. През 1887 г. министърът на просвещението Тодор Иванчев издава Наредба за откриване на педагогически клас към Първа мъжка гимназия в гр. София. Занятията започват на 1 октомври 1888 г. На 8 декември 1888 г. Народното събрание взема решение за преобразуването му във Висше училище, който влиза в сила на 1 януари 1889 г., когато е публикуван Указ № 159 в Държавен вестник. За пръв Ректор е избран Александър Теодоров-Балан. В приетия временен правилник се предвижда функционирането само на Историко-филологическо отделение. През учебната 1889/1890 г. се открива Физико-математическото отделение, а през 1892 г. се открива Юридическият факултет.
През 1894 г. е приет нов закон за Висшето училище и с указ се преобразува в университет под името „Български университет братя Евлогий и Христо Георгиеви от Карлово” с три факултета: Историко-филологически, Физико-математически и Юридически. В периода от 1918 до 1923 г. се откриват 4 нови факултета - Медицински, Агрономо-лесовъден, Богословски, Ветеринарно-медицински. През 1938 г. Софийският университет вече има 7 факултета, 72 института, клиники, семинари, значителен библиотечен фонд и собствено научно списание. Софийският университет „Св. Климент Охридски“ става един от авторитетните научни центрове на Балканите.
В периода 1947-1952 г. Народното събрание приема закони, с които отделя факултети и институти от структурата на университета. Някои от тях поставят началото на нови, самостоятелни висши училища като Висшия икономически институт, Медицинска академия, Ветеринаро-медицинския институт, Селскостопанската академия, а други преминават в системата на БАН. През последните години някои от тези звена са възстановени в структурата на университета (Богословски факултет, Медицински факултет). Образуван е и нов Стопански факултет. През 2012 г. Химически факултет е преобразуван във Факултет по химия и фармация.
През 1900 г. е приет и правилникът за Библиотеката при Висшето училище. През 1905 г. започва да излиза Годишник на Университета с официален и научен дял, в който се публикуват закони, правилници, разписи за лекции и научни трудове на университетските преподаватели. Университетската библиотека „Св. Климент Охридски” е първата университетска и най-голямата научна библиотека в България. През 1925 г., с приемането на Закона за депозита, тя става третата библиотека в страната, която получава безплатен екземпляр от всяко издание.
Днес Университетската библиотека притежава богат многоотраслов фонд, който наброява над 2 510 000 библиотечни единици – научна и учебна литература, редки и ценни издания, периодика, електронни носители на информация и др. Изключително богата е сбирката от старопечатни, редки, ценни и уникални издания. Ежегодно се набавят над 20 000 библиотечни единици и се обслужват повече от 30 000 читатели с над 340 000 библиотечни материали. Тя предлага услуги, съчетаващи традициите и модерните технологии, които изграждат облика й на съвременен библиотечно-информационен, културен и образователен център. Нейната мисия е библиотечно-информационно осигуряване на всички свои читатели, креативно участие в развитието на Софийския университет и във формирането на информационната компетентност на многобройните си потребители.
От 1902 г. е учреден празникът на патрона на университета св. Климент Охридски. В Правилника на Университета от 1905 г. за пръв път е записан текстът, че 25 ноември, денят на св. Климент Охридски, става патронен празник на Университета. От 1916 г. в резултат на официалното приемане на Григорианския календар в България годишният празник на Университета започва да се чества на 8 декември. Така с годините най-старото и престижно висше учебно заведение в България създава и утвърждава 8 декември като символна дата на университетската празничност.
От началото на 1935 г. Софийският университет официално започва да носи името на своя патрон. След 1968 г., когато Българската православна църква връща стария стил на Юлианския календар, денят на св. Климент Охридски отново става 25 ноември и от 90-те години на ХХ в. е патронен празник само на Софийския университет. Осми декември остава светска дата и продължава да обединява българското студентство в страната с изключително популярния му празник. Преподавателите и студентите от Софийския университет „Св. Климент Охридски“ честват два академични празника – патронния и общостудентския, съдържащи общ произход.
Постепенно Софийският университет „Св. Климент Охридски“ става един от авторитетните научни центрове на Балканите, напълно развит европейски тип университет. Днес Софийският университет „Св. Климент Охридски“ е най-големият и престижен учебен и научноизследователски център в страната. Той обхваща 16 факултета със 107 специалности.
В структурата на Софийския университет са включени следните основни звена: Факултет по славянски филологии, Факултет по класически и нови филологии, Исторически факултет, Философски факултет, Юридически факултет, Факултет по журналистика и масова комуникация, Факултет по педагогика, Факултет по начална и предучилищна педагогика, Геолого-географски факултет, Физически факултет, Факултет по математика и информатика, Факултет по химия и фармация, Биологически факултет, Стопански факултет, Богословски факултет, Медицински факултет, Департамент за информация и усъвършенстване на учители, Департамент за езиково и специализирано обучение и Департамент по спорт.
В рамките на СУ „Св. Кл. Охридски“ функционират няколко самостоятелни звена, които са: университетска бибиотека, университетско издателство с печатница, университетски център за информационни и комуникационни технологии, научноизследователски сектор (НИС), университетски ботанически градини. Също така са създадени и няколко центъра: ЦСВП „Проф. Иван Дуйчев“; Център за образователни услуги; Център за източни езици и култури; Център по кореистика; Кариерен Център; Културен център; EURAXESS център за мобилност на учените; Мрежова Cisco Академия при СУ; Център за изследване на патристичното и византийското духовно наследство; Институт Конфуций в София; Approved Test Centre for the Oxford Test of English; Университетски център за изследване на религиите; Френско-германски център за приложни изследвания по икономика и управление; Център за дистанционно обучение; Университетски център за управление на качеството; Център на технологии на информационното общество; Център за икономически теории и стопански политики; Високотехнологичен бизнес център към СУ „Св. Климент Охридски“; Център за икономика и политика на Китай; Рехабилитационни центрове; Център за полярни изследвания. Освен действащи са радио и телевизия „Алма Матер“, театър-лаборатория @лма @лтер, Музей на СУ; Музей по палеонтология и исторична геология; Mузей по минералогия, петрология и полезни изкопаеми
Софийският университет „Св. Климент Охридски“ е образователна и научна институция, избрала пътя на развитие на изследователски университет. Възприет е принципът, че високото ниво на научноизследователската дейност е задължителна стъпка в осъществяването на ефективно взаимодействие между образователен процес, наука, технологично развитие и иновационна политика. В Софийския университет „Св. Климент Охридски“ работят голяма част от най-добрите български специалисти във всички области на природо-математическите и хуманитарните науки. Научноизследователската дейност на преподавателите от Софийския университет „Св. Климент Охридски“ е съставна част от учебния процес със студентите.
Научната дейност в Софийския университет „Св. Климент Охридски“ се развива в съответствие с утвърдената от академичната общност Стратегия за развитие на научните изследвания (2009-2014). Тя дефинира приоритетните изследователски области, като едновременно с това спазва традицията на СУ да осигурява свобода на преподавателите в избора на конкретните изследователски цели и задачи. Стратегията за научните изследвания в СУ „Св. Кл. Охридски“ цели да създаде условия за устойчиво развитие на университетския научен потенциал, които да гарантират успешното му участие в пазара на научни продукти. Тя очертава дългосрочния план за систематични действия, чрез който да се даде отговор на неотложната необходимост от сериозни социални реформи. Стратегията за научните изследвания утвърждава като основен инструмент за финансиране на научноизследователската работа проектното финансиране. Днес в Софийския университет се разработват проекти, финансирани от национални и европейски програми, от министерства, национални агенции, неправителствени организации и стопански предприятия. Мисията на СУ е да развива образователния, научния и културен потенциал на България, като новият акцент е да създава модели на обществено развитие, както чрез демонстрация на вътрешната си способност за институционална промяна, така и чрез обществения резултат от тази промяна: ново равнище на научната продукция, на образователните резултати, на обществената експертиза. Реализацията на тази специфична мисия е в пряка зависимост от постигането на стратегическата цел на научното развитие в СУ.
Сградата на Софийския университет „Св. Климент Охридски“, построена със средствата на двамата дарители – братята Евлоги и Христо Георгиеви, е една от архитектурните забележителности на София. Днес тя заема 36 000 кв. м разгърната застроена площ, има 324 помещения, от които 65 аудитории с 6000 места.
Като самостоятелен раздел от глобалната стратегия на Университета е развитието на международната дейност. Чрез нея в значителна степен се стимулират научните изследвания и се подпомага и усъвършенства учебният процес. Университетът има договорни отношения с над 80 университета от различни страни, стотици съвместни участия в международни проекти от различен тип и многостранни контакти с учени от целия свят.
Софийският университет е водещ в страната по брой участници в студентската и преподавателската мобилност и утвърждаването на европейското пространство на висшето образование.
С подписването на новата Еразъм Харта през 2007 г. и пълноправното членство на България в Европейския съюз Университетът продължава активно да участва в изпълнението на обогатената и предоставяща нови образователни възможности европейска програма „Учене през целия живот”.
Забележителни постижения в хуманитарните науки бележат изтъкнатите български учени като Иван Шишманов, Любомир Милетич, Боян Пенев, Стоян Романски, Йордан Иванов, Стефан Младенов, Александър Балабанов, Михаил Арнаудов, Васил Златарски, Петър Мутафчиев, Петко Стайнов, Димитър Михалчев и мн. др.
В природо-математическите науки се открояват имената на Анастас Иширков, Кирил Попов, Методий Попов, Любомир Чакалов, Никола Обрешков, Асен Златаров, Георги Златарски, Васил Моллов и др.