За съществуването на Охридската архиепископия допреди седмица знаеха основно историците и духовниците. Вдигането на схизмата върху Македонската православна църква от страна на Вселенската патриаршия и признаването на Охридска църква постави темата на широкото обществено внимание. Тя изглежда особено заплетена и неясна за незапознатите с църковните правила, устави и история, а такава е огромната част от обществото ни.
Най-важното, за да бъде разбрана тази история е да бъде разказана от нейното начало, а не от средата, както правят в момента българските учени и духовни лица.
Историята започва още в първи век от новата ера, когато първите християнски апостоли идват на Балканите. Тук по нашите земи проповядват апостолите Павел и Андрей, лично кръщават първите последователи, лично ръкополагат първите служители на Светата Църква. В големите градове на провинция Македония са създадени първите християнски общности от апостол Павел. Във вътрешността на Тракия проповядват някои от 70-те учениците на Исус, а според запазените предания, покрай днешното българско черноморско крайбрежие апостол Андрей Първозвани достига на север чак до скитските земи, днешна Украйна. Така траки, македонци, мизийци стават едни от първите християни изобщо, още в първи век от новата ера, приемайки християнството директно от апостолите и учениците на Исус Христос.
В началото на 4 век християнството е признато за равноправна религия в цялата Римска империя, а два века по-късно се налага и като основна религия. Така в началото на 6-ти век, по времето на император Юстиниан Велики (527 – 565), вече няма град, село, дори махала на цялата територия на Балканския полуостров, в който да няма православен храм, да не съществува християнска общност. По времето на този цар, на Източната римска империя, се разгръща най-широкото и мащабно църковно строителство, немалко храмове от което са запазени и до днес.
Самият цар Юстиниан е от тракийски произход. В църковното му житие от Православната църква, пише че е от славянски произход. А в някои извори, като например Зографската история той е записан като един от петимата български царе (кесари) управлявали Римската империя.
По това време Църквата вече е разделена на Източна с център Константинопол (Цариград), където цариградският патриарх е пръв сред равни и Западна с център Рим, където е седалището на папата. Император Юстиниан, който управлява близо 40 години е роден някъде в земите на днешна Северна Македония (град Охрид или село Тавор) или Източна Сърбия (около град Лесковац), близо до границите с България, а според друга версия някъде около Кюстендил. Той е доведен като младеж в столицата Константинопол от чичо си Юстин (518 – 527), който от обикновен войник се издига в армията и става римски император. По време на своето управление император Юстиниан разгръща огромна строителна дейност, систематизира и записва римското законодателство и освен това прави опит за създаване на самостоятелна църква за собствения му народ - трако-илирийския. Тази църква е наречена Първа Юстиниана, а по-късно Охридска архиепископия.
Първа Юстиниана (Юстиниана Прима) обхваща седем големи провинции – Горна Македония, Втора Македония, Средиземна Дакия, Прибрежна Дакия, Дардания, Превала и Горна Мизия. Идеята е това да е трета по ранг архиепископия след тези в Константинопол и Рим и да обединява най-многобройната общност на балканите трако-илирийската. Тази общност малко по-късно започва да се нарича българо-славянска.
Римският папа Вигилий (537 -555) се противопоставя в продължение на десет години на създаването на Първа Юстиниана, защото тези провинции откъсват част от неговия диоцез, но накрая приема съществуването на новата архиепископия. През следващите векове обаче съществуването на Първа Юстиниана, нещо като голям клин между двата големи центъра Константинопол на изток и Рим на запад се оказва трудно.
Със създаването и признаването на Българската патриаршия в началото на 10 век се прибавя нов фактор в тези словни църковни отношения. Така по това време върху доста обширното българско етническо пространство на Балканите обхващащо Мизия, Тракия и Македония имаме две църкви, с ранг на патриаршии – Охридската архиепископия, наследник на Първа Юстиниана и Преславската патриаршия. Падането на Първо българско царство под византийска власт в началото на 11 век довежда отново до фаворизирането на Охридската архиепископия, чието начало е поставено от император Василий II (976-1025) известен и като Българоубиец. Сложните отношения между Охридската архиепископия и Търновската патриаршия продължават и по време на Второ българско царство.
С падане на българските земи под османска власт в края на 14 век и смъртта на патриарх Евтимий в началото на 15 век, ролята на Търновската патриаршия, понижена в ранг, се маргинализира. Подобно е състоянието и с Охридската архиепископия, където обаче архиепископ остава чак до 1767 година. Закриването на Охридската архиепископия по това време всъщност оставя българските земи и целокупния български народ в Мизия, Тракия и Македония без самостоятелна църква. Вероятно няма да е пресилено ако кажем, че най-силните и интензивни години на т.нар. българско Възраждане през 18 и 19 век всъщност са свързани с опита за възстановяване на българската църква. В продължение на десетилетия най-големият народ на Балканите – българският остава без своя църква, която с дипломатически и икономически действия е възстановена към средата на 19 век.