Мюнхен вече е преживял жесток терористичен удар. На 5 септември 1972 г. единадесет членове от израелския олимпийски отбор са взети за заложници от палестинската терористична организация „Черният септември“ с искане за освобождаване на 200 палестински затворници в Израел.
Убити са израелският състезател по вдигане на тежести Йозеф Романо и треньора му. Похитителите и отвлечените се изтеглят с автобус, а после се качват на хеликоптер, който да ги откара до самолет, пътуващ за Тунис.
Германската полиция открива огън по хеликоптера, завързва се престрелка. Намерени са труповете на деветте заложници и на четиримата похитители, а трима са арестувани, но впоследствие са освободени след като са разменени срещу отвлечен самолет на Луфтханза. При престрелката загива един полицай. Загиват и петима заложници, с което броят на жертвите става седемнадесет. На 6 септември, сряда, на олимпийския стадион се провежда траурна церемония, на която не присъстват арабски спортисти.
По-късно Израел организира група от офицери от те служби, за намиране и елиминиране на останалите живи похитители. Те са ликвидирани, с изключение на Джамал ал Гашей.
Главният организатор на похищението Абу Дауд доживява до 73 години и умира от бъбречна недостатъчност през 2010 година в Дамаск.
На голямо публично изявление тогавашният президент на МОК Ейвъри Бръндидж изрича прочутото изречение: „Игрите трябва да продължат“.
През 2012 г., след разсекретяването на архиви, се разбира, че атентатът е бил извършен дилетантски. Преди Игрите е имало предупреждение за атентат от германското посолство в Бейрут.