На 16 април 1991 г. Škoda официално влиза в състава на империята VW Group, с което се полагат основите на едно от най-успешните сливания в историята на автомобилостроенето. Чехите старателно избягват думи като "поглъщане" и "придобиване", тъй като винаги са държали на националната принадлежност и колорит на продукцията си. Както и да наричат сделката обаче, тя не само изважда славната някога марка от блатото на развития социализъм, а и я превръща в една от най-бързо развиващите се в световен мащаб.
През 1991 г. автомобилите на Škoda не се различават особено по качество и технологично равнище от колите, произвеждани в останалия Социалистически лагер. Четири години по-рано чехите са предприели драстична стъпка към осъвременяването на продукцията си с Favorit, който заменя старите модели със задно задвижване и двигател отзад. Новото немско ръководство налага бърза модернизация, в резултат на която се ражда добре познатата Felicia, която се задържа на поточните линии до 2001 г.
След средата на 90-те години на миналия век "шкодите" постепенно настигат аналогичните модели на Volkswagen по качество, а продажбите им растат непрекъснато. Преломът идва с второто поколение на флагмана Superb, който по всеобщо мнение превъзхожда донора си Passat по комфорт, практичност и съвкупност от потребителски достойнства.
Днес моделите на Škoda не отстъпват по нищо на останалите автомобили, произвеждани под шапката на Volkswagen. Нещо повече - по степен на обезценяване марката оставя "сестринските" брандове от VAG зад себе си.
За 25 години под немско ръководство Škoda е увеличила производството си пет пъти (от 200 000 до 1 000 000 коли), динамиката на продажбите бележи непрекъснат възход, а компанията бележи успех след успех дори на напълно нови пазари като китайския.