На 26 март 2000 г. на президентските избори в Русия за президент на страната е избран Владимир Путин.
След 1996 г. Путин се премества в Москва и заема второстепенни постове в администрацията на Борис Елцин. От 1997 г. става заместник на завеждащия администрацията на Кремъл. През 1998 г. е назначен за директор на Федералната служба за сигурност на Русия, наследникът на КГБ. Докато е на този пост, олигархът Борис Березовски се прочува с извършваното от него финансиране на уахабитската секта в Чечня, ръководена от Шамил Басаев, която към тогавашния момент се бори за свалянето на умерения президент на републиката Аслан Масхадов и е отговорна за значителен терор спрямо Русия. Въпреки високия пост и широки правомощия, Путин не предприема никакви действия спрямо олигарха и неговата дейност в Чечня.
През март 1999 г. става и секретар на Съвета за сигурност на Русия, а през август - министър-председател. От декември същата година изпълнява длъжността на президент. Първоначално Путин става временен президент на Русия на 31 декември 1999, като сменя Борис Елцин, а заема поста като титуляр на 7 май 2000 г. след проведените президентски избори. През 2004 г. е преизбран за втори мандат.
Поради конституционното ограничение на мандатите, през 2008 г. Путин слезе от поста и го предаде на наследника си Дмитрий Медведев, когото лично подбра и представи на руския народ като кандидат за президент. Няколко месеца по-късно Медведев назначи Путин за премиер.
През 2008 г. е сменен от Дмитрий Медведев на президентския пост и е назначен за министър-председател на Русия. През 2012 г. Владимир Путин отново печели президентските избори и от 7 май 2012 г. е за трети мандат президент на Русия. През 2018 г. е преизбран за нов мандат.