Агенция „Митници“ се структурира в Централно митническо управление и териториални дирекции, реши правителството.
В централното митническо управление ще има две главни дирекции - за митническо разузнаване и разследване и за информационни системи и аналитична дейност.
От агенцията допълват, че по този начин ще се оптимизира структурата й и ще се намали излишната администрация. Освен двете главни дирекции, ще има и пет териториални структури, като по този начин ще се осъществява по-ефективно контролът на място.
Според кабинета с промените ще се увеличат приходите в хазната.
Предвижда се с промените да се засили административният капацитет на централно и териториално ниво и по-ефективно да се осъществява дейността на митническите органи при митническия контрол, включително на контрола в областта на митническите, акцизните и валутните нарушения и престъпления. В резултат на преструктурирането ще се постигне оптимизиране на администрацията с отпадане на излишни структури, повишаване на ефективността на работа на митническите учреждения и оптимизиране на натовареността на митническите служители. Като ефект от реформата се очаква увеличаване на приходите, реализирани от агенцията в резултат на засилените контролни функции, повишаване на качеството на административния капацитет и оптимизиране на вертикалната организационна структура.
С измененията и допълненията в Класификатора на длъжностите в администрацията и наредбата за неговото прилагане се въвеждат специфични длъжности, предвидени в Закона за митниците на основание разпоредбата на § 6 от Преходните и заключителните разпоредби на Наредбата за прилагане на Класификатора на длъжностите в администрацията. В проекта са отразени и промени по отношение на функциите и минималните изисквания за заемане на конкретни длъжности.