25 юни 1868 г. Цариградската патриаршия протестира пред султана църковната независимост на българите

На 25 юни 1868 г. Патриаршията изпраща на Високата порта официалните си възражения по двата правителствени проекта за разрешаване на българския църковен въпрос. В отговора се предлага свикването на вселенски събор. След завладяването на България от турците през 1396 г. и унищожаването на Търновската патриаршия по-голямата част от българските земи в църковно отношение са подчинени на Цариградската патриаршия. С премахването на независимите Ипекска патриаршия (1776 г.) и Охридска архиепископия (1767 г.) под духовната власт на Цариградската патриаршия попадат и останалите дотогава извън обсега ѝ български земи.

Тя става крепителка на султанската власт, срещу което придобива правото да получава големи доходи от поробените християнски народи под формата на много църковни данъци, такси и др. След въвеждането през II половина на ХV в. на обичая новоизбраният патриарх да заплаща на султана голям паричен дар (пешкеш), за да получи берат за своето назначение, грабежите и експлоатацията от страна на гръцкото духовенство още повече се увеличават. Недоволството на българите изразява отначало в действия срещу деянията и злоупотребите на отделни гръцки владици. Борба срещу тях започва населението на Враца (1824 г.), Скопие (1825 г.), Самоков (1829 г.), Стара Загора, Казанлък, Нова Загора (1836 г.) и др.

Така постепенно започва да се формира църковно-национална борба. Начело застава българската търговско-промишлена буржоазия. Постепенно тя успява да привлече в борбата и широките народни маси, особено селяните (които страдат най-много от грабежите на гръцкото духовенство) и градските занаятчии. Ръководители на борбата са Неофит Бозвели и Иларион Макариополски, които спечелват помощта на българските търговци и занаятчии в Цариград. На 25 юни 1845 г. те получават от цариградските българи пълномощия да действат от името на българския народ; подават поотделно прошение до турското правителство, в което излагат исканията на българския народ: във всички български епархии да се поставят избираеми от народа и сменяеми владици българи с определена месечна заплата; в Цариград да има представители на българския народ, които да бъдат застъпници на българските интереси пред Високата порта; да се разреши построяване на българска църква в Цариград и издаване на български вестник. Макар че Високата порта приема тези искания, Патриаршията ги отхвърля и заточва двамата български представители (края на юли 1845 г.). Това дава нов тласък на църковно-националното движение. Населението в София, Самоков, Видин, Лом, Пловдив, Пазарджик, Охрид, Сяр и др. започва по-енергично да се бори за владика българин. Църковно националната борба навлиза в решителната си фаза след Кримската война (1853-1856 г.). Издаденият през 1856 г. Хатихумаюн, в който се предвиждат и църковни реформи, дава нови надежди и силен тласък на борбата. Същата година цариградските българи от името на 6,4 млн. българи в пределите на Турция изпращат прошение до султана да им се разреши да си изберат върховен църковен и върховен граждански началник българин, който да представя пред султана български съдебни и други служби. С второто искане се слага началото на опитите за извоюване на известна гражданска автономия. Българската емиграция в Румъния и Русия подкрепя активно борбата. Особено дейни са Г. С. Раковски, д-р Ив. Селимински и др. Цариградската българска община се утвърждава като ръководен център на Църковно-националните борби. Неин ръководител става Иларион Макариополски, който през 1858 г. е ръкоположен за епископ. Нейни членове са д-р Ст. Чомаков, П. Р. Славейков, Т. Бурмов, Г. Кръстевич и др. В Църковно-национална борба се очертават 2 течения: умерено (консервативно) и крайно (демократично), или 2 партии – “стари” и “млади”. Първите изразяват интересите на едрата търговска-лихварска буржоазия, а вторите – на дребните търговци и занаятчии. Начело с Г. Кръстевич, “старите” настояват борбата да се води в съгласие с Портата, а “младите”, водени от П. Р. Славейков, са привърженици и на крайни мерки. По нареждане на Високата порта Патриаршията свиква събор (1858 – 16 февруари 1860 г.), за да внесе известни промени в своето управление. На него присъстват само трима представители на български епархии. Съборът отхвърля дори и умереното искане на “старите” за назначаване в епархиите на владици, които да знаят езика на местното население. В знак на протест българските представители отказват да подпишат протоколите на събора. Църковно-национална борба се изостря все повече. В много селища населението не приема новоназначените гръцки владици, стават сблъсквания между българи и гръкомани и др. Упорството на Цариградската патриаршия убеждава българските водачи, че народът сам трябва да отхвърли открито нейната власт.

На 3 април 1860 г. (Великден) Иларион Макариополски изпълнява народната воля и не споменава на тържествената служба името на гръцкия патриарх. Великденската акция повдига духа на българския народ. От всички краища на България пристигат прошения, с които народът се отказва от Патриаршията и признава за свой духовен глава Иларион. Наскоро след това той е заточен отново заедно с присъединилите се към борбата Авксентий Велешки и Паисий Пловдивски. Във всички български земи се провеждат митинги, изгонват се владици, населението не плаща църковните данъци и др. Критското въстание (1866-1869 г.), нарастването на революционния подем в България и преминаването на четите на П. Хитов и Филип Тотьо (1867 г.), на Хаджи Димитър и Стефан Караджа (1868 г.) в България принуждават Високата порта да разреши църковно-националния въпрос в полза на бългaрския народ. На 28 февруари 1870 г. е издаден ферман за учредяването на Българска екзархия.